La cappella dell’Annunciazione, dedicato alla Madonna, non fa parte del primo nucleo cinquecentesco ideato da fra Tommaso. Le prime notizie sull’edificio risalgono alla seconda metà del XVII secolo, quando il motivo del culto mariano si era affermato con forza accanto a quello originariamente prevalente della Gerusalemme traslata.

Se da un punto di vista architettonico la cappella, a pianta a croce greca con corpo centrale rialzato coperto da cupola ottagonale, risulta tra i più elaborati del complesso, il gruppo scultoreo interno non è altrettanto significativo. Al centro di un altare marmoreo, sovrastato dal simbolo mariano, trovano infatti posto due semplici statue dell’Arcangelo Gabriele e di Maria, risalenti al XIX secolo. La devozione mariana è tema molto sentito nella tradizione francescana, tanto che l’Immacolata Concezione di Maria, che si celebra l’8 dicembre, è la patrona dell’Ordine.