La chapelle de l’Annonciation, dédiée à la Vierge, ne fait pas partie du premier noyau du XVIe siècle conçu par le frère Thomas. Les premières nouvelles sur l’édifice remontent à la seconde moitié du XVIIe siècle, lorsque le motif du culte de la Vierge s’était affirmé avec force à côté de celui qui prévalait à l’origine: la visite du site comme lieu de pèlerinage symbolique à “Jérusalem”.

Si, d’un point de vue architectural, la chapelle, à plan  croix grecque avec corps central surélevé couvert d’un dôme octogonal, est parmi les plus élaborés du complexe, le groupe sculptural intérieur n’est pas aussi significatif. Au centre d’un autel en marbre, surmonté par le symbole de la Vierge, se trouvent en effet deux simples statues de l’Archange Gabriel et de Marie, datant du XIXe siècle.

La dévotion de la Vierge est un thème très ressenti dans la tradition franciscaine, au point que l’Immaculée Conception de Marie, célébrée le 8 décembre, est la patronne de l’Ordre.